Erste Erwähnungen der Schulverhältnisse, die mit den heutigen keineswegs vergleichbar sind, reichen bis ins 18. Jahrhundert zurück. So gab es bereits im Jahre 1784 eine Instruktion für Schulmeister an den Schulen in Aitrach und Mooshausen. Damals waren diese sogenannten Volksschulen den drei Pfarreien in Aitrach, Mooshausen und Treherz angegliedert.

In Aitrach befand sich das erste Schulgebäude an der Hauptstraße (heutiges Therapiezentrum) und wurde in den Jahren 1834, 1861 und 1912 erweitert. Zusätzlicher Raum wurde im Jahre 1885 zusammen mit dem Bau des Rathauses geschaffen (heutiges Altes Rathaus). Aufgrund steigender Schülerzahlen wurde 1911 als dritte Schulstelle der heutige Altbau errichtet. Weiter zunehmende Schülerzahlen und die Einrichtung von Fachräumen waren der Grund für den Bau des Mittelbaus  im Jahr 1956.

Heute nimmt in Treherz das Dorfgemeinschaftshaus den Platz des ehemaligen Schulhauses, dessen Anfänge bis zum Jahre 1818 zurückreichen, ein. Steigende Schülerzahlen machten auch hier im Jahre 1907 den Anbau eines zusätzlichen Schulsaales mit einer weiteren Lehrerwohnung erforderlich.

Wie in Aitrach wurde auch in Mooshausen ein Schulgebäude mit Lehrerwohnung im Jahre 1914 in Betrieb genommen. Diese Schule musste ebenfalls mit einem Neubau und einer Pausenhalle im Jahre 1963 vergrößert werden.

Wegen der abzusehenden Schulreform und des Bevölkerungsanstieges wurde am Zentralort Aitrach im Jahre 1964 die bestehende Schule um den Nordbau, den Südbau und das Verwaltungsgebäude erweitert. Komplettiert wurden die Baumaßnahmen mit der Errichtung der Turn- und Festhalle (1969) und der Sportanlage (1971). Diese Zentralisierung an den Hauptort bedeutete für die Treherzer Schule im Jahre 1969 die endgültige Schließung und für die Schule in Mooshausen, dass sie je nach Raumbedarf als Filiale weitergeführt wurde.

Zurückgehende Schülerzahlen in Aichstetten und Aitrach erfordern zum Erhalt beider Schulstandorte und damit zum Wohle der Kinder (Schule im Dorf) seit dem Schuljahr 2003/2004 eine Kooperation beider Schulen. Schüler der Klassen 5 und 6 besuchten die Schule in Aitrach, während die Schüler der Klassen 7 bis 9 an der Schule in Aichstetten unterrichtet wurden und dort den Hauptschulabschluss erwerben konnten.

Im Jahr 2015 wurde die Hauptschule in Werkrealschule umbenannt, nachdem die Hauptschule im Bildungsplan von 2010 keine Erwähnung mehr fand. Eine weitere Kooperation mehrerer Hauptschulen der Stadt Leutkirch und Umgebung mit der Werkrealschule am Adenauerplatz und deren Angebot für ein 10. Schuljahr trat in Kraft.

Durch einen weiteren Rückgang der Schülerzahlen und ein verändertes Wahlverhalten der Eltern nach der Grundschulempfehlung, wurde im Schuljahr 2015/16 ein neuer Versuch unternommen den Standort in ländlicher Umgebung zu sichern, indem die beiden Standorte Aichstetten und Aitrach an einen Standort zusammengelegt wurden. Für die WRS Aitrach bedeutete dies die aktive Schließung der WRS ein schmerzhafter, schwerer aber unvermeidbarer Schritt für Gemeinde und Schule, für unseren Kooperationspartner Aichstetten eine erneute komplette Werkrealschule.

Seit dem Schuljahr 2015/16 ist unsere Schule eine reine Grundschule.